Sử dụng chỉ thị Microsatellite trong nghiên cứu quần thể loài Thằn lằn cá sấu (Shinisaurus crocodilurus Ahl, 1930) tại Việt Nam

Loại này có vùng phân bố nằm rải rác ở các khu vực rừng thường xanh ở miền Nam Trung Quốc và Đông Bắc Việt Nam. Nghiên cứu này tìm hiểu về đặc điểm di truyền quần thể của loài thằn lằn cá sấu ở Việt Nam nhằm cung cấp cơ sở khoa học cho việc bảo tồn và phục hồi quần thể của loài trong tự nhiên. Phương pháp sử dụng chỉ thị microsatellite trong nghiên cứu di truyền quần thể loài thằn lằn cá sấu (Shinisaurus crocodilurus vietnamensis) tại Việt Nam. Phương pháp tách chiết DNA tổng sử dụng hai bộ Kit: Dneasy Blood and Tissue Kit (Qiagen, Đức) với các mẫu nước bọt và GeneJET Genomic DNA Purification Kit (Thermo Fisher Scientific, Mỹ) với các mẫu vảy. Quá trình tách chiết mẫu theo qui trình của nhà sản xuất có điều chỉnh. Sau khi rửa mẫu bằng đệm lần 2 (AW1 với Kit Dneasy Blood and Tissue và Wash Buffer 2 với GeneJET Genomic DNA Purification Kit), thực hiện ly tâm khô với thời gian và vòng quay tương tự với bước cuối cùng để tăng hiệu quả bước hòa tan DNA. Phản ứng nhân bản các đoạn microsatellite có kích thước trong khoảng 150–300 bp được thực hiện với cặp mồi đánh dấu huỳnh quang một chiều xuôi. Hai màu được sử dụng để đánh dấu là FAM và HEX (Bảng 2). Tổng thể tích mỗi phản ứng là 24,7-27,7 µl bao gồm 1,7 µl khuôn, 1,5 µl mỗi chiều mồi (10 pmol/µl), 7,5 µl H2O, 12,5 µl DreamTaq Master Mix. Kết quả thu được từ điện di mao quản được phân tích bằng phần mềm Peak Scanner và GeneMapper (Hình 1). Sau tinh chỉnh, kết quả kích thước alen thường không phải nguyên mà là có phần thập phân ở sau bởi phương pháp phân tích không đưa ra chính xác tuyệt đối. Nếu chỉ sử dụng phương pháp làm tròn thông thường sẽ không cho kích thước chính xác của alen và vô tình làm tăng lượng alen của một locus. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng liệu microsatellite để phát hiện hiện tượng thắt cổ chai (bottle neck) trong quần thể của phân loài Thằn lằn cá sấu Việt Nam. Hiện tượng thắt cổ chai xảy ra khi quần thể sinh sản (effective population) bị giảm sút đáng kể. Kết quả của nghiên cứu này có ý nghĩa quan trọng trong việc bảo tồn loài bò sát nguy cấp này và cho thấy những biện pháp bảo tồn khẩn cấp để bảo vệ loài này không bị tuyệt chủng trong tương lai. Phương pháp sử dụng chỉ thị microsatellite trong nghiên cứu di truyền quần thể loài thằn lằn cá sấu (Shinisaurus crocodilurus vietnamensis) tại Việt Nam có thể cung cấp những thông tin hữu ích về đặc tính di truyền của quần thể. Các phân tích dựa trên chỉ thị microsatellite cung cấp những thông tin như đa dạng di truyền, cấu trúc, lượng nhóm có đặc điểm di truyền khác biệt, lịch sử tiến hóa của quần thể, cũng như mức độ giao phối cận huyết. Kết quả nghiên cứu này cho thấy rằng quần thể của loài thằn lằn cá sấu ở Việt Nam đã bị suy giảm đáng kể. Điều này có thể là do áp lực từ việc săn bắt và buôn bán trái pháp luật để làm sinh vật cảnh cũng như sinh cảnh bị thu hẹp, chia cắt và suy thoái. Nghiên cứu này cung cấp cơ sở khoa học cho việc bảo tồn và phục hồi quần thể của loài trong tự nhiên. Phương pháp sử dụng chỉ thị microsatellite trong nghiên cứu di truyền quần thể loài thằn lằn cá sấu (Shinisaurus crocodilurus vietnamensis) tại Việt Nam có thể được áp dụng cho các nghiên cứu khác về di truyền quần thể của các loài động vật hoang dã.